Il y au moins deux millions d’années, le bassin du Puy était un immense lac. Les éruptions volcaniques sous-lacustres ont façonné ce paysage.
La lave a rencontré de grandes quantités d’eau en arrivant à la surface. De nombreuses explosions, peu violentes, ont fragmenté la lave pulvérisée qui est retombée aussitôt dans l’eau. Les débris se sont agglomérés en couches multiples et se sont soudés puis transformés en un matériau brun clair. Ainsi est né le tuf volcanique.
Des panneaux entiers de roche retombaient à chaque explosion dans la cheminée. Le Rocher est ainsi constitué de grandes dalles proches de la verticale qui témoignent du fragile entassement dans la cheminée profonde.
Après l’oratoire Saint-Raphaël, suivez des yeux le ruban noir de basalte qui monte dans le rocher, il indique une ancienne faille par où est montée la dernière lave qui partait à l’assaut du cratère du volcan d’Aiguilhe.
L’érosion du tuf volcanique n’a laissé en place que la racine profonde de l’ancienne cheminée. Aujourd’hui, les géologues qualifient ce Rocher de neck, et de dyke l’ancienne fissure remplie de basalte.